Genomica della conservazione del camoscio appenninico

Il camoscio appenninico (Rupicapra pyrenaica ornata) è una sottospecie endemica dell’Appennino centrale, considerata una delle più rare e minacciate popolazioni di camoscio in Europa. Dopo aver subito un drastico declino nel XX secolo, gli sforzi di conservazione hanno permesso un parziale recupero della popolazione, ma le dimensioni ridotte e l’isolamento geografico continuano a rappresentare una minaccia per la sua sopravvivenza a lungo termine.

Questo progetto mira a:

1. Analizzare la diversità genetica e la struttura delle popolazioni di camoscio appenninico utilizzando il metodo quaddRAD.
2. Confrontare il genoma del camoscio appenninico con quello del camoscio pirenaico e alpino mediante analisi di long reads con tecnologia Oxford Nanopore (ONP).
3. Sequenziare un genoma di riferimento completo per il camoscio appenninico, fornendo una base per futuri studi di genomica della conservazione.

Metodologia

1. Analisi della diversità genetica con quaddRAD
   • Il DNA verrà estratto da campioni biologici disponibili presso il Parco nazionale d’Abruzzo, Lazio e Molise.
   • L’approccio quaddRAD permetterà di identificare polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) e di valutare la diversità genetica intra-popolazione.
   • Saranno effettuate analisi di struttura genetica di demografia storica.
2. Genomica comparata con ONP
   • Verranno generate sequenze di long reads ONP per campioni di camoscio appenninico, pirenaico e alpino.
   • L’analisi comparativa tra i tre taxa consentirà di identificare variazioni strutturali e regioni genomiche soggette a selezione naturale.
3. Sequenziamento del genoma di riferimento
   • Un individuo rappresentativo della popolazione di camoscio appenninico verrà selezionato per il sequenziamento completo del genoma.
   • Il genoma sarà assemblato utilizzando un approccio ibrido che combina dati di sequenziamento a long reads ONP con dati di short reads ad alta accuratezza.
   • L’annotazione del genoma fornirà informazioni sulle regioni funzionali, i geni associati all’adattamento e alle risposte ambientali.