
Genomica della conservazione del camoscio appenninico
Data Inizo
01/11/2024
Data Fine 31/12/2025
Data Fine 31/12/2025
Referente
Paolo Colangelo
Email Referente paolo.colangelo@cnr.it
Email Referente paolo.colangelo@cnr.it
Ente Finanziatore
PNRR - NBFC
Il camoscio appenninico (Rupicapra pyrenaica ornata) è una sottospecie endemica dell’Appennino centrale, considerata una delle più rare e minacciate popolazioni di camoscio in Europa. Dopo aver subito un drastico declino nel XX secolo, gli sforzi di conservazione hanno permesso un parziale recupero della popolazione, ma le dimensioni ridotte e l’isolamento geografico continuano a rappresentare una minaccia per la sua sopravvivenza a lungo termine.
Questo progetto mira a:
- Analizzare la diversità genetica e la struttura delle popolazioni di camoscio appenninico utilizzando il metodo quaddRAD.
- Confrontare il genoma del camoscio appenninico con quello del camoscio pirenaico e alpino mediante analisi di long reads con tecnologia Oxford Nanopore (ONP).
- Sequenziare un genoma di riferimento completo per il camoscio appenninico, fornendo una base per futuri studi di genomica della conservazione.
Metodologia
- Analisi della diversità genetica con quaddRAD
- Il DNA verrà estratto da campioni biologici disponibili presso il Parco nazionale d’Abruzzo, Lazio e Molise.
- L’approccio quaddRAD permetterà di identificare polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) e di valutare la diversità genetica intra-popolazione.
- Saranno effettuate analisi di struttura genetica di demografia storica.
- Genomica comparata con ONP
- Verranno generate sequenze di long reads ONP per campioni di camoscio appenninico, pirenaico e alpino.
- L’analisi comparativa tra i tre taxa consentirà di identificare variazioni strutturali e regioni genomiche soggette a selezione naturale.
- Sequenziamento del genoma di riferimento
- Un individuo rappresentativo della popolazione di camoscio appenninico verrà selezionato per il sequenziamento completo del genoma.
- Il genoma sarà assemblato utilizzando un approccio ibrido che combina dati di sequenziamento a long reads ONP con dati di short reads ad alta accuratezza.
- L’annotazione del genoma fornirà informazioni sulle regioni funzionali, i geni associati all’adattamento e alle risposte ambientali.